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新たにNPO法人を設立するための認証申請を行う場合の申請です。
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NPO法人は、毎事業年度初めの3か月以内に、前事業年度の実績の有無に関わらず、事業報告書を含む7種類の書類を作成し、所轄庁に提出しなければなりません。
この届出を3年以上怠ると、認証が取消しになることがあります。提出する書類は「事業報告書等提出書」「事業報告書」「財産目録」「貸借対照表」「活動計算書」「役員名簿及び役員のうち報酬を受けたことがある者の名簿」「社員のうち10人以上の者の名簿」です。
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役員の新任、再任、任期満了、死亡、辞任、解任、住所（又は居所）の変更、改姓又は改名があった場合、提出する届出です。登記の変更手続きをした後、所轄庁に遅滞なく、提出しなければなりません。
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定款の軽微な事項の変更は、総会での議決がなされたら、遅滞なく所轄庁に定款変更届出書を提出しなければなりません。軽微な事項とは、事務所の所在地（ただし、所轄庁の変更がない場合）、資産に関する事項、公告の方法です。
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軽微な事項以外の定款の記載事項の変更は、所轄庁の認証を受けなければなりません。
設立認証と同様の申請が必要となります。軽微な事項以外の変更とは、目的、名称、特定非営利活動の種類、特定非営利活動に係る事業の種類、主たる事務所及びその他事務所の所在地（所轄庁の変更をともなう場合）、社員の資格の得喪に関する事項、役員に関する事項、会議に関する事項、その他の事業を行う場合にはその種類その他当該その他の事業に関する事項、解散に関する事項、定款変更に関する事項です。申請から認証まで約4か月の期間がかかります。
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NPO法人は、目的とする特定非営利活動に係る事業の成功の不能による解散の認定を受けようとする場合、特定非営利活動法人認定申請書を所轄庁に申請しなければなりません。
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社員総会の決議、定款で定めた解散事由の発生、社員の欠亡、破産手続き開始の決定、設立認証の取消しによって、解散する場合、所轄庁に特定非営利活動法人解散届出書を提出しなければなりません。
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他のNPO法人と合併する場合、社員総会の決議を経た後、所轄庁に認証を受けなければ合併できません。合併認証申請書を含む11種類の書類が必要となります。設立申請と同様、期間は4か月以内の認証となります。合併の登記が完了したら、遅滞なく登記完了の届出をしなければなりません。
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認定NPO法人となるためには、所轄庁である都道府県知事又は指定都市の長に認定特定非営利活動法人としての認定を受けるための申請書を添付書類とともに提出する必要があります。
認定には、仮認定という制度もあります。これは認定を受ける前に申請できる制度で、設立後5年以内のNPO法人が対象です（平成27年3月31日までは、5年を超えた法人も申請できます）。仮認定基準には、寄付金を受けているなど、広く市民からの支援を受けていることを判断するパブリック・サポート（PST）基準の適用がありません。ただし、認定期間は3年間で更新ができません。
一方、認定法人の申請ではパブリック・サポートの基準など、厳しい認定要件をクリアーしていなければなりません。認定には所轄庁の定めた日から5年間という有効期限がありますが、更新を受けることができます。個人や法人が、認定NPO法人に対して寄付をした場合、税制面で優遇措置が設けられているのが特徴です。
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